Holzheim

Erstmals wird der Name Holzheim in einer Kaiserurkunde vom 1. November 1007 erwähnt. Kaiser Heinrich II. schenkte dem Domkapitel zu Bamberg einen Ort Holzheim im Gau "Horevun" .
Die Herren von Holzheim waren die Ministerialen der Grafen von Graisbach . Diese werden bereits 1193 urkundlich erwähnt und zählen zu den ältesten Geschlechtern im Rainer Winkel. Im Jahr 1449 starb die Familie in der männlichen Linie aus.  Grabsteine der Familie sind an der Außenwand der Pfarrkirche von Holzheim noch zu sehen.

Bergendorf

Der Name Bergendorf entnimmt sich aus der Tatsache, dass der Ort inmitten von Hügeln liegt. Urkundlich wird Bergendorf erstmals im bayerischen Herzogsurbar von 1280 unter Amt Neuburg erwähnt. Die bayerischen Herzöge schenkten bis 1300 dem Kloster Scheyern mehrere Höfe. Auch das Kloster Niederschönenfeld hatte in der Folgezeit Besitz in Bergendorf. Bis 30. Juni 1972 gehörte die Gemeinde Bergendorf zum Landkreis Neuburg an der Donau und wurde dann im Zuge der Gebietsreform in Bayern dem Landkreis Donau-Ries zugeschlagen. Die Eingemeindung von Bergendorf in die Gemeinde Holzheim erfolgte am 1. Januar 1976.